Спустя год после событий первого фильма Чебурашка окончательно освоился в семье Гены. Он учится читать, обожает ходить в школу с внуком Гены, Гришей, и пытается стать «правильным» мальчиком. Однако его неуемное любопытство и стремление помогать всем подряд часто оборачиваются комичными катастрофами. Гена, стараясь оберегать своего необычного друга, становится слишком строгим «родителем», что вызывает между ними первое серьезное недопонимание. Тем временем над их идиллией сгущаются тучи: Шапокляк, хотя и пытается исправиться, работая в благотворительном фонде, сталкивается с серьезным конкурентом — беспринципным бизнесменом, который хочет превратить их тихий приморский городок в бездушный футуристический мегаполис. Главной целью злодея становится сам Чебурашка: он хочет клонировать уникальное существо, чтобы сделать его живым символом своей корпорации и продавать «улучшенные» копии по всему миру.
Большое путешествие и тайна прошлого
Сюжет резко меняет направление, когда в город приезжает международная зоологическая экспедиция. Один из ученых утверждает, что видел похожих существ в далеких высокогорных джунглях, скрытых за густыми туманами. Чебурашка, терзаемый вопросами о своем происхождении и чувствуя себя лишним в мире людей, решает отправиться в путь, чтобы найти своих сородичей. Гена, несмотря на ворчание и страх перед перелетами, не может бросить друга и отправляется вслед за ним. К ним присоединяются Шапокляк, которая видит в этом шанс искупить прошлые грехи, и верная крыска Лариска. Героев ждет опасное приключение через экзотические страны, где им придется столкнуться с браконьерами, преодолеть бурные реки и, самое главное, научиться доверять друг другу в условиях, когда цивилизация остается далеко позади. Это путешествие становится для Чебурашки поиском не только «своих», но и ответом на вопрос, что именно делает его личностью.
Истинная семья и финал
В кульминации фильма герои находят скрытую долину, но оказывается, что «сородичи» Чебурашки — это лишь легенда или давно эволюционировавший вид, не имеющий ничего общего с его добрым сердцем. Чебурашка осознает важную истину: дом — это не те, кто на тебя похож внешне, а те, кто любит тебя и готов ради тебя на риск. Тем временем злодей-бизнесмен настигает их в горах, пытаясь захватить Чебурашку силой. В масштабной финальной сцене, сочетающей в себе трогательный драматизм и динамичный экшен, Гена и его друзья используют смекалку и взаимовыручку, чтобы дать отпор захватчикам. Вернувшись домой, Гена наконец перестает опекать Чебурашку как ребенка и признает в нем равного друга. Фильм завершается большим праздником в саду, где Чебурашка пишет свое первое сочинение на тему «Моя семья», а зрители понимают, что чудо — это не экзотическая внешность, а способность сопереживать и прощать.
